Après avoir été pendant quatre ans ingénieur de recherche au Laboratoire d’Hydrodynamique Navale de l’Ecole Nationale Supérieure de Mécanique de Nantes (aujourd’hui Ecole Centrale de Nantes), Jean Bougis a été Consultant dans la société de recherche et d’études sous contrats Principia Recherche Développement. Il a occupé différents postes de responsabilité dans cette entreprise avant de prendre la direction générale de la société filiale Diodore System, destinée à produire et à éditer des logiciels scientifiques de mécanique des fluides.

Jean Bougis a créé son propre cabinet d’Ingénieur Conseil en février 1993.